Joseph Hubertus Pilates nasceu em 8 de dezembro de 1880 na pequena cidade de Mönchengladbach, próximo a Dusseldorf – Alemanha. Com uma infância adoentada, passou a adolescência praticando esportes variados. Foi ginasta, esquiador e mergulhador. Chegou a ser lutador profissional de boxe em 1912, mas, logo depois – durante a I Guerra Mundial –, Pilates foi exilado com outros alemães em Lancaster, na Inglaterra, e lá começou a trabalhar com guerrilheiros mutilados. Durante o seu trabalho, nenhum dos internos foi acometido pela Influenza, que matou milhares de ingleses na época. Apesar dos ferimentos, os pacientes foram capazes de se movimentar sozinhos, graças aos músculos firmes que adquiriram. Toda esta vivência o levou a criar seu método revolucionário, como um sistema de exercícios para melhorar a flexibilidade, consciência corporal, equilíbrio e força, sem a hipertrofia muscular. Pilates estudou anatomia, fisiologia e várias disciplinas atléticas para desenvolver o método de exercícios que recebeu seu nome. A princípio, ele usou molas para ajudar os pacientes a se recuperarem. Mais tarde, estes objetos dariam origem aos equipamentos que hoje fazem sucesso.

Em 1923, aos 46 anos, o alemão mudou-se para Nova York, abrindo seu primeiro estúdio. Nele, pôde trabalhar com médicos, artistas circenses, ginastas e músicos, atraindo a atenção do mundo da dança. Bailarinos conhecidos como Ruth St. Denis, Ted Shaw, Martha Graham, George Balanchine e Jerome Robbins praticavam e recomendavam o método aos seus alunos.

O fundador da prática faleceu aos 87 anos, após um incêndio em seu estúdio. Na tentativa de salvar arquivos e equipamentos, caiu através do piso queimado, sustentando-se por uma viga até ser resgatado. Pilates acreditava que o estilo de vida moderno, má postura corporal e respiração ineficiente ocasionavam saúde ruim. Sua esposa, Clara Pilates, deu continuidade ao trabalho de difusão até sua morte, em 1976. Logo, muitos alunos seguiram e abriram seus próprios estúdios.